apktool，是一个对apk进行重构(reengineer)的工具，可以很方便的重构res,反编译,修改,再打包回去,用来翻译很方便.但对于源码只能反编译到smali。 关于smali.留意这个博客http://androidcracking.blogspot.com/2011/02/more-smali-syntax-examples.html
dex2jar，一个很方便的将apk，转换到jar的程序。
apktool 的基本使用是这样的：
apktool d app.apk # 反编译 app.apk到文件夹apk
apktool b app app_apk # 从文件夹app重建APK，输出到./app_.apk
java -jar signapk.jar testkey.x509.pem testkey.pk8 app_.apk app_signed.apk #对apk进行签名
skgnapk.jar 和后面的文件在一个叫auto-sign的工具里
Android 反编译资料整理 有详细的解释。
目前还没有方便的apk -> java -> apk的方法.
留意http://androidorigin.blogspot.com/2011/02/dex-format-to-jar-format.html 植入IDE的方法。